Lynn fue una brillantísima microbióloga que fue capaz de poner patas arriba el mundo de la biología evolutiva.
Uno de los mayores retos con los que se encontraron los biólogos Neodarwinistas era el paso de células sin núcleo, como las bacterias, a células con núcleo, como las de animales, plantas, hongos y un buen número de microorganismos complejos.
Es un salto enorme y era muy difícil explicar razonablemente los pasos intermedios. Pero Margulis lo hizo, planteó que las células complejas se habían formado a partir de asociaciones simbióticas entre bacterias, que se habían unido por un proceso llamado simbiogénesis, esto es, la unión cooperativa entre dos o más organismos para generar otro organismo más complejo, una unión que ni es gradual ni competitiva, al menos no en el sentido clásico de esos conceptos.