Estos ecosistemas son tan diversos como los terrestres. En ellos, el nivel de profundidad del agua y su cercanía al ecuador determinan el nivel de composición biológica. Dentro de los más conocidos por el hombre, debido a su contacto con ellos, son los arrecifes de coral que abundan en las zonas cálidas del mundo. Los arrecifes son equivalentes a los bosques tropicales o selvas en los ecosistemas terrestres, debido a su gran diversidad biológica, es decir, muchas especies diferentes con pocos individuos por área.