Este museo muestra la historia de México en relación con el mar, a partir de la conquista y hasta la época moderna. En sus cinco salas se exhiben pinturas, maquetas, fotografías, documentos, mapas, modelos a escala e instrumentos de navegación, además de una colección de armas. Los temas que se exponen abarcan expediciones y descubrimientos del mar del sur, viajes hacía las islas Filipinas, el tornaviaje de la Nao de China y la defensa de las flotas.
Resalta la temática sobre el inicio del asentamiento que más tarde se convertiría en Puerto Vallarta, así como una breve reseñas histórica del mismo.
