También conocido con el nombre de Convento de San Francisco, está consagrado a las 5 llagas de nuestro seráfico padre San Francisco de Asís. La primera iglesia del conjunto se comenzó a construir en 1535, lo que la convierte en la más antigua de puebla, y se caracteriza por sus numerosos retablos, como los 2 realizados por el escultor Nicolás de Vergara 1686, uno dedicado a las Ánimas del purgatorio y otro a la Virgen de Loreto, existen otros más dedicados a Jesús de Nazareth de la misma antigüedad. Durante los siglos XVII y XVIII , se agregaron varias capillas al conjunto, entre las que destaca la Tercera Orden de Penitencia de San Francisco, con sus dos portadas de cantera, pilastras toscanas y 5 bóvedas con lunetos.
Entre 1967 y 1970, gracias a un donativo de la fundación Mary Street Jenkins, se remozó el atrio principal y durante estos trabajos se descubrieron dos capillas laterales que actualmente albergan la biblioteca pública Miguel de la Madrid, cuyo acervo de santorales es uno de los más completos del país.
